現在、JJA（日本ジュエリー協会）とAGL（宝石鑑別団体協議会）加盟の鑑別機関では、天然石を天然無処理、トリートメント（改変）と２つに分類しています。 ところが３年前までは天然無処理、エンハンスメント（改良）、トリートメント（改変）の３つに分類されていました。 （エンハンスメント・トリートメントの詳細はこちらに記載しています。） さらにJJA・AGLに加盟していない鑑別機関が発行する鑑別書を合わせますと、数種類の鑑別書が混在している事になります。
宝石ジュエリー大辞典ではJJA・AGLに加盟していない鑑別機関に関して、鑑別ルールの開示が無いなどの問題あり解説出来ませんが、日本の殆どの鑑別機関はJJA・AGLに加盟していますので、両者の鑑別ルールに沿った解説を致します。 また、現在も３分法で書かれた鑑別書をお持ちの方が多いと思いますので、それに合わせた解説を行ないます。

宝石における天然石のカテゴリーとは『全くの未処理である宝石』の事ではありませんでした。 天然の宝石に人工的に処理を行なった宝石も、鑑別書、または処理方法によっては同じ天然石と記載されていたのです。 宝石は天然石か合成・模造・人造石かの判断が大事で、天然石ならば安心と思われがちですが（ショップの中にはわざとミスリードする場合もあります。）、天然石だからといって安心してはいけません。
天然石にどういった処理がなされたのか、という事もとても大事な要素なので、天然かどうかだけではなく、天然石にどういった処理がなされたのかもしっかりと確認する必要があります。 これは同じ天然石でも、被処理石と未処理石では価格に雲泥の差がある宝石が殆どだからです。 鑑別書上は同じ天然石であっても、処理の方法によっては処理石かどうかの判断は出来る場合があります。

人工的な処理は、エンハンスメントとトリートメントに分類されていました。 トリートメント処理の場合は、鑑別書に『天然○○○○（処理石）』や『トリーテッド○○○○』（人工処理石された○○○○）と記載され、更にはその処理内容もちゃんと記載されているため、容易に判断が可能となっていました。 ところがエンハンスメント処理の場合は、鑑別書に『天然○○○○には、一般的にエンハンスメントが行われています。』という記述が未処理の場合も入っており、結局、被処理なのか未処理なのか判断出来ませんでした。 この記述は、一般的に（ほとんどの場合）、エンハンスメント処理が行なわれる宝石の鑑別書には必ず記載されており、とても曖昧だったのです。 この場合、天然石かつ未処理である事を証明する為には通常の鑑別とは別に、疑われるエンハンスメント処理について高度な検査する必要がありました。（高額ですが、検査結果証明書も発行してもらえました。）
このようにエンハンスメント処理自体の検査が困難で高額であったという事もありますが、エンハンスメント処理を特定し鑑別書に記載する事で、消費者に対するイメージが悪くなったりするのを防ぐため、という理由もあったのかもしれません。

同じ人工処理にも関わらず、ある意味で優遇されてきたエンハンスメントでしたが、やはり人工処理は人工処理として落ち着く事になりました。 「エンハンスメントは宝石本来の素質を引きたてるだけなので心配要りません！」と言っていたショップの面目は丸潰れです。 ですが３分法以前（1994年以前）の鑑別書は、天然無処理・エンハンスメント・トリートメントの区別すら無かったのです。 鑑別書で天然だと思っていた宝石が、実は処理されていたとなると消費者の宝石に対する不信感は相当なものになったはずです。 しかも流通している宝石の殆どが何らかの処理をなされているのが現状ですから、ほぼ全ての人の鑑別書が意味の無いものになります。
そこでJJA・AGLは人工処理を更に２つに分類し、ソフトランディングを測ったのではないかと思われます。（要は処理はされてますが『天然石』です、という事を強調したかったと思われます。） 実際、海外では日本ほどエンハンスメントとトリートメントに対する意識の違いは無い事が多く、早くからどちらも同じ処理石として考えられてきましたし、鑑別書が２分法で分類されている国もありました。

現在は2004年に施行された『宝石もしくは装飾用に供される物質の定義および命名法に関する規定』によって鑑別書が作製されます。 『目的の宝石が天然なのか？また何らかの処理はなされているか？』という極めて明確で消費者にも分かり易い内容となっています。 『目的の宝石が』というのは、『一般的に～』というその種類の宝石を全て表すのではなく、その宝石個別に処理がなされているかの判断をすると言う事です。 また天然石に人工処理がなされていればエンハンスメント・トリートメント関係無く、全て『天然石』となります。 ただし、その処理内容を開示コメントに記載する事になっています。 また処理に関して確証を得る事が出来ない一部の宝石に関しては、その旨を明記する様になっています。
これらの宝石に関しては『通常～が行なわれています』など従来と似たり寄ったりの表記がなされますが、さすがにそれはしょうがない事だと思います。 その宝石とは『アクワマリン、シトリン（黄・黄緑）、バイカラークォーツ（黄色/褐色）、スモーキークォーツ、カンゴーム、スタークォーツ（褐色・黒・黄）、クォーツ・キャッツアイ（褐色・黒・黄）、ピンクトパーズ、トルマリン（赤・ピンク・一部の青・緑・黄等）、ジルコン（無色・青・ゴールデン）、ブルーゾイサイト』の事ですが、これらの宝石に関して鑑別書上で無処理を証明する事はありえません。

人工処理とは、天然石に対し行なわれる人的手段の事です。現在ではエンハンスメントとトリートメントとを分ける必要が無いため区別していません。 似た言葉に人工生産物というものがありますが、そちらは別物です。詳しくは宝石マメ知識を参照してください。

宝石に熱を加える事により、色をコントロールする事です。 インクルージュンが熱により溶解する事などが原因で色が変化します。

色の改善を目的とした加熱が行なわれています。

るつぼに宝石以外にもベリリウムなどの元素を入れ加熱し、宝石に元素を含有させる処理の事です。 多くの場合、表面付近までしか浸透しないため、再研削すると色が変化します。

色の変化を目的とした人為的な外部からの元素の拡散加熱処理が行なわれています。

宝石に樹脂や鉛などを含浸させ、傷やクラックを埋めたり耐久性をあげたりする処理です。 お手入れ方法によっては、含浸させた物質が溶け出すので注意が必要です。 含浸、有色材の含浸、鉛ガラス含浸などがあります。

透明度の改善を目的とした無色透明材の含浸が行なわれています。
外観の変化を目的とした無色樹脂の含浸処理が行われています。

宝石の見た目上のクラリティを向上させるため、ガラスなどを充填する処理の事です。 お手入れ方法によっては、充填した物質が溶け出すので注意が必要です。

外観の改善を目的とした充填処理が行なわれています。

宝石の見た目の鮮やかさを向上させるために、色素で着色する事です。 お手入れ方法によっては、色素が取れてしまうため注意が必要です。

色素による着色処理が行なわれています。

宝石に人工的に放射線を照射して、結晶構造に歪みを与える処理の事です。

色の変化を目的とした人為的な照射処理が行なわれています。
通常、色の変化を目的とした人為的な照射処理が行なわれています。

ダイヤモンドに高温高圧をかけ、色の変化を起こす処理の事です。

色の変化を目的とした高温高圧プロセスが行なわれています。
色の起源が天然か高温高圧プロセスによるものかは判定不能。

宝石の表面に色のついた薄膜をコーティングする処理です。 幾層にも重ねる事で、かなり堅く、また通常の洗浄であれば殆ど色落ちもありません。

コーティングによる着色処理が行なわれています。
コーティングによる人為的な着色処理が行なわれています。

ダイヤモンドの黒色内包物を、レーザーを用いて焼却する処理の事です。 当然、孔が残ります。

透明度の改善を目的としたレーザードリリングが行なわれています。
透明度の改善を目的とした内部レーザープロセスが行なわれています。

宝石を脱色する処理の事です。 色をコントロールし、他のより高価な宝石に似せる為に良く使われました。（イエロークォーツ→クリソベリルキャッツアイなど）

淡色かを目的とした脱色処理が行なわれています。

化学反応を用いて宝石の色をコントロールする事です。

色の変化を目的とした化学処理が行なわれています。
外観の改善を目的とした化学処理が行われています。

宝石をワックス用いて、光沢を出すなどする処理の事です。

通常、光沢の改善を目的としたワックス加工が行なわれています。